『大谷遺稿』는 김석구의 시문집으로 6권 3책의 목활자본이다. 序는 1901년 崔益鉉이 지었다. 최익현은 奇正鎭의 수제자로서 김석구의 학술상의 위치를 중국의 정명도와 정이천 형제에 비유하였다.

권1은 시이다. 모두 102수를 수록하였는데, 궁핍한 생활에 자족하면서 자신에 대한 성찰이나 자연이나 천리에 대한 이치를 노래하였다. 김석구는 시를 통해 궁핍한 삶을 자족하면서 학문에 대한 나태함을 자책하고 더욱 면려하는 계기로 삼았다. 또한 자연을 노래하되 자연속의 도를 추구하였으며, 천리와 인성이 일치되는 경지를 추구한 것이다.

권2는 書와 序, 記, 跋, 祭文 등으로 구성되어 있다. 書에서는 가장 먼저 스승인 기정진에게 올린 편지를 수록하고 있다. 내용은 이황의 『성학십도』와 이이의 『격몽요결』의 차서가 君德과 蒙學이 필요한 바가 다르지만 학문에 들어가는 단서와 문로로 삼을 수 있는가라는 질문에 기정진이 『성학십도』나 『격몽요결』의 차서는 간략하거나 절실하지 않기 때문에 적합하지 않다고 답한 내용이다.

학문에 뛰어난 그와 스승인 기정진 사이에 주고받은 편지가 1통 밖에 남아 있지 않아서 애석한 일이나, 두 사람간의 학문에 대한 문답이 「師門問答」으로 잡저편에 따로 실려 있어서 그의 사상적인 편린을 엿볼 수 있게 한다. 李崑壽에게는 5통의 글을 보냈는데, 자신의 근황을 전하기도 하고, 스승인 기정진이 돌아가서 애도하기도 하였으며, 학문은 시비를 잘 분별하고 실천함에 있으며, 기질이나 습관, 질병에도 불구하고 성인되는 공부를 멈춰서는 안 된다는 것이라든가 주자의 「中和後說」 등에 대해 자신의 견해를 밝히기도 하였다.

이 뒤에는 대체로 같은 노사문인 간에 왕래한 편지를 수록하였는데, 주로 기정진의 문인 중 성리학에 뛰어난 인물들이다. 강진의 金漢燮에게는 자신이 재주가 둔한데다가 학문을 궁구하지 못하고 존양성찰 공부에 게을리 하고 있으니, 자주 가르침을 달라고 부탁하였다. 보성의 鄭時林와는 주로 능주의 鄭義林를 통해 글을 주고받았다.

스승이 돌아간 이후 자신의 재질이 부족하여 사문의 기대를 저버려 부끄럽지만 정시림은 궁핍한 가운데 뜻이 장하여 노사문인들에게 큰 힘이 되고 있으며, 기정진의 문집에 대한 看儉을 부탁하기도 하고, 오십이 되어 학문에 진척을 이루지도 못하건만 학질이 도져 수명이 얼마 남지 않았음과 스승이 돌아간 뒤 초심을 지닌 사람은 호남에서 鄭義林와 鄭時林 뿐이니 도를 위해 보중하라는 글이다.

또 노문삼자인 정의림에게는 스승이 돌아간 이후 서로 자주 만나지 못하는 쓸쓸함과 학문에 대한 기대, 心에 대한 자신의 견해를 밝히기도 하였다. 스승의 손자 奇宇萬에게는 스승의 기대를 이룬 것도 없이 나이가 들어감을 한탄하고, 군부의 원수를 만났을 때 힘이 없을 때는 어떻게 해야 하는가라고 묻기도 하였다. 김석구는 특히 鄭載圭, 鄭冕圭, 權雲煥, 權基德, 陳樸, 金顯玉 등 영남의 노사문인들에게 많은 편지를 보냈다. 그 중에서도 노사문하의 삼대제자인 정재규와 가장 많은 편지를 주고받았다.

스승이 돌아가신 뒤에 멀리 떨어져 있어서 보고 싶은 마음이나 자신의 어머니가 아프시다는 것을 전하기도 하고, 정재규가 편찬하고 있는 『答問類編』에 대해 자신의 견해를 수정해달라고 하거나 그 두서와 규모가 적절하다든가, 스승의 문집은 어려운 중에도 기우만이 힘써 진행하고 있다는 것, 그 밖에 성리학이나 예학에 관해 서로 답문하기도 하고, 안부를 묻기도 하였다.

권운환에게는 整齊嚴肅해야 主一공부를 할 수 있다는 것, 기정진의 喪에 조정에서 제관을 보내어 조문했다는 것, 자신이 학질에 걸려 고생하고 있다는 것과 기우만이 막내상을 당했다는 것을 전하기도 하고, 진주의 趙性家를 통해 편지를 받고 성인의 학문은 평생 공부해야 할 것이므로 너무 서두르지 말라고 당부하기도 하였다. 진박에게는 스승인 기정진이 돌아가신 뒤 매년 슬픔이 더하고, 자신에게 동문들이 기대하는 바가 크나 자신이 그러지 못해 부끄럽다고 하기도 하였다.

김현옥에게는 제천의 민기용을 통해『답문류편』을 베껴서 보내주어 감사하다는 것과 『노사집』 간행에 관해서는 자신이 쇠잔하여 도움이 되지 못한다는 사실을 전하고 있다. 그 밖에 鄭學仁, 沈魯綜 등 같은 동문이나 朴準基 등의 문인, 자신의 족속들에게 보낸 편지가 있는데, 주로 안부를 묻거나 독서를 권면하는 내용이다.

序로는 영남에서 공부하러 온 金秋槎翁이나 제주도에서 바다를 건너 북으로 공부하러 온 安行五, 자신을 찾아 왔다가 제천으로 떠나는 민중호, 기타 南俊西, 明洞主人과 작별하는 글이 수록되어 있다. 기문으로는 회나무가 사람들이 관심을 갖지 않지만 회나무가 자신의 천성을 잘 보존한다는 취지의 「雙槐堂記」, 湖狂者와 醉夢子의 대화를 통해 항상 취하고 광망함을 말한 「湖狂齋記」가 있다.

발문으로는 「書兩鄭奇遇說後」가 수록되어 있는데, 영남의 정재규와 호남의 정의림이 같은 정씨로서 마을 이름도 같은 墨洞에서 똑같이 古人의 학을 배우겠다고 기정진을 찾아오자, 이에 스승인 기정진이 가상하게 여기므로 김석구가 글을 지어 두 사람이 함께 열심히 공부하여 스승의 기대에 부응하라는 내용이다. 제문은 기정진 사후 스승의 높은 도학과 행실, 자신을 극진하게 가르쳐준 은혜에 감사하고 돌아가심을 슬퍼하는 글을 추모하는 글인데 세 번이나 글을 올려 자신의 존경하는 마음과 슬픈 감정을 표현하고 있다. 그리고 「祭金章汝文」은 동문으로서 선배인 金致熙의 죽음을 슬퍼하는 글이다.

권 3-5는 雜著인데, 권3은 「自敬說」이다. 김석구가 25세부터 35세까지 10년 동안 느낀 바가 있으면 기록한 것인데, 10년 뒤에도 제대로 실천하지 못하여 44세인 1878년 동지에 다시 경계한다는 것으로 학문에 대한 면려, 자신의 처신과 언행, 마음가짐에 대해 자신을 경계한 글이다.

권 4는 師門問答으로 김석구의 질문에 스승인 기정진이 답한 것으로, 태극동정이나 理氣, 陰陽, 道器, 이일분수, 인심·도심, 미발과 이발, 인물성동이 등 성리설을 비롯해서 군자의 처신, 상례나 제례 등 예학에 걸쳐 많은 내용이 수록되어 있다. 노사학파의 성리학을 이해하는데 매우 중요한 자료이다.

권 5는 「知舊問答」과 「沙上語錄」으로 구성되어 있다. 「지구문답」은 동문들간에 유학 전반에 관해 논한 자료로서, 노사학파의 성리학이나 예학 등의 학문적 특성을 이해하는데 매우 중요한 자료라고 할 수 있다. 정재규와 심성, 이기, 경서, 상복이나 제례에 관한 논의가 가장 많고, 그 다음은 정의림이나 정시림 사이에 논한 내용도 수록되어 있다. 사상어록은 노사 기정진이 장성 황룡강변의 下沙에서 살았기 때문에 붙여진 이름인데, 1853년 김석구가 기정진을 배알하여 수학하기 시작한 때부터 20년 이상 동안 기정진에게서 성리학이나 예학, 역사 등에 대해 들었는 말을 간략하게 적어 둔 것이다.

권6은 김석구의 글이 아니라 김석구와 관련된 스승과 동문들의 글을 모은 것이다. 기정진이 지은 「脫灑說」, 기우만이 지은 「大谷記」, 김석구의 문집을 편찬하기 위하여 영남에서 돈을 모아 김현옥을 보내자고 정재규가 권운환에게 보낸 편지, 그리고 김석구의 죽음을 애도하는 동문이나 제자들의 제문이 수록되어 있으며, 기우만의 행장, 정재규의 묘지명, 정의림의 傳, 최숙민의 발문으로 되어 있다. 노문삼자를 비롯한 영,호남의 학문적으로 훌륭한 노사문인들이 참여하였다. .